平成11年度、経済産業省から委託を受けた産業環境管理協会により、「環境ビジネス発展促進等調査研究(委員長:國部克彦(神戸大学大学院教授))」が始まった。
この中で、ドイツのIMUの行なっていたMFCA(マテリアルフローコスト会計)の情報がもたらされ、MFCAのワーキングが発足し、日本におけるMFCAの研究が始まった。ワーキングの委員長:水口剛(高崎経済大学助教授)、および委員:中嶌道靖(関西大学商学部助教授(当時))は、IMUのワグナー教授を訪問し、その後、日東電工を皮切りに、田辺製薬、タキロン、キャノンの合計4社が導入実験を開始した。
平成14年6月、経済産業省から発行された「環境管理会計手法ワークブック」には、これら4社のMFCA適用事例が紹介され、MFCAの基本的なコンセプトと手法が確立した。その後、平成14年度から平成16年度にかけて、産業環境管理協会の事業として、「環境管理会計」の調査研究が継続された。平成16年度からは、MFCAの普及と活用手法研究を目的として、大企業向けと中小企業向けに分けて、「MFCA導入適用モデル事業」が実施され、MFCAの普及に弾みがついてきている。
※H14年度に増加した2社は、IGES((財)地球環境戦略研究機関)のプロジェクトによるものである
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